Im
Menü < Konfiguration < Softwareverwaltung < Erweiterte Optionen < Wähle die zu sichernden Dateien
kannst du die Dateien und Verzeichnisse auswählen welche gesichert werden sollen.

es wird auch die Liste der installierten Plugins gesichert.
Nicht die Plugins an sich, sondern nur die Liste.

Bei der automatischen Wiederherstellung nach einem Neu-Flash wird man dann gefragt ob man die Plugins wieder installieren möchte.
Wenn das dann mit OK bestätigt wird, dann werden die Plugins automatisch frisch in aktueller Version vom Feedserver geladen.

siehe dazu auch: [E2 Allgemein] Unterschied: Online Update vs. Online Flashen